Полагаю, решение публично "высечь" Гермиону было принято профессорами коллективно, а роль экзекутора досталась Спейпу просто из-за его и без того злодейской репутации. Остальным преподавателям карать маленькую девочку было как-то несолидно.
А МакГонагалл отсутствовала просто из чувства несогласия. Она всё-таки слишком ответственная, чтобы явно противостоять директору, но и слишком мягкосердечная, чтобы просто сидеть и смотреть на несправедливость.