МакГонагалл не пересчитала детей... вообще, есть мнение, что на неё тоже каким-то образом воздействовали, иначе бы она догадалась вызвать Дамблдора патронусом (в отличие от ГП, ей этот способ связи не в новинку).
В сцене прослеживается борьба "пути Дабмлдора" против "пути Тёмного лорда". Сначала я грешил на Квиррелла, который бы был только рад "прокачке" Гарри до использования Авады, но, судя по окончанию главы, это не его операция (хотя последствия ему частично выгодны).
Выше уже заметили про то, что тревога для Дамблдора должна была включиться раньше. Вкупе с собственно появлением тролля можно сделать вывод, что хвалёными системами безопасности Хогвартса уже вертят, как угодно.
Ну и минутка сарказма: "Товарищ Юдковски! Когда на 70-х главах мы говорили "фик катится в сопли, нужно больше экшена", мы имели в виду совсем не ЭТО!!!"