Вам напомнить, чем обернулся массовый сбор людей в одной точке с помощью портключей в начале четвертой книги? К тому же, было бы прибытие в Хогсмид хоть портключами, хоть аппарацией - дети прибывали бы кучками и им пришлось бы долго ждать в грязной деревне, пока не прибудут все.
А так - сбор в Лондоне, пришел пораньше - сидишь в комфортном поезде, взрослые уверены, что из поезда ребенок никуда не денется, а дальше будет под присмотром.
Так что поезд - даже более комфортный для родителей вариант, чем любой другой.