ВИЧ не является наследственным заболеванием поскольку он не поражает гоноциты и таким образом не может быть передан посредством наследственных механизмов. Заражение плода может произойти, как вы правильно заметили, лишь в процессе беременности или родов, а так же при грудном вскармливании, сама по себе зигота не содержит ВИЧ. Если бы ВИЧ был наследственным заболевание, то он бы передавался скажем при рождении ребёнка ВИЧ отрицательной суррогатной матерью при ВИЧ положительных биологических родителях, а этого нет. Что же до передачи ВИЧ в процессе беременности, то современные методы ВААРТ позволяют значительно снизить риск рождения ВИЧ положительного ребёнка при ВИЧ положительной матери.
Инородным телом плод является всегда, потому что это другой организм. В частности согласно современным исследованиям есть высокая вероятность того что существенная часть самопроизвольных выкидышей является аутоиммунной, т.е. механизм иммунных привилегий по каким-то причинам не срабатывает и иммунная система матери начинает атаковать развивающийся плод, что и приводит к выкидышам.