Думаю, путаница происходит из-за представления о монолитности личности. Снейп СОЗНАТЕЛЬНО ничего не помнит, но по мелочам, бессознательно (во снах или еще как-то) прорывается что-то такое. То же самое с ним было и в 16в.: что-то такое он чувствовал, и магия прорывалась, и на замечание про себя как про зельевара он интересно реагирует.
Снейп сознательно вполне может верить, что ищет из чувства долга и тп.