Вообще, насколько я понимаю, о полной копии речь не шла :)
У них есть повреждённое тело с сохранённым мозгом. Соответственно, очень сильный маг может трансфигурацией тело привести в норму (речь, понятно, не идёт о чем-то, доступном обычному школьнику). Соответственно, после этого почему бы этому телу не функционировать?

(Если что, это не спойлер, я так рассуждал, когда прочитал эту главу.)

На самом деле, как я понимаю, создать новую Гермиону "с нуля" как раз невозможно. Уникальные объекты трансфигурацией не создаются. Никакой маг не сможет правильно вообразить всё содержимое мозга Гермионы.