Тут какой момент, пророчество явным образом указывает что ГП опасен неким знанием которое неизвестно Волди. А Волди, мало того что эксперт в магии, так еще и учитель ГП, т.е. он знает ВСЕ чему ГП учился, знает какие книги Гарри брал в библиотеке, и т.д. Он так же знает что Гарри смог нестандартно применить Патронуса, но это именно что нестандартное применение известного заклинания. Т.е. вепроятность того что Гарри знает какоето заклинание которого не знает Волди исчезающе мала. Защищатся от этого глупо, опасность от того что ГП применит что то из магловского арсенала намного выше, так что оставить ГП палочку и подталкнуть к магическим атакам более выгодно и безопасно чем рисковать схлопотать что то неизвестное из области магловского оружия.
При этом 99% применений палочки это размахивание ею и выкрикивание заклинаний. т.е. от этого он как раз защитился, ПС шлепнут Гарри как только он попытается что то сделать.
Собственно боевое применение трансфигурации подразумевает контакт с чем либо. Поэтому Волди его и не опасался, он защитился от него запретом на шевеление, да и не так силен ГП в трансфигурации чтобы создать что то угрожающее (обычными методами).
ГП обошел эти ограничения за счет своего секретного навыка частичной трансфигурации, но даже этого было бы мало не примени он еще одно "знание" мономолекулярную нить.