На сколько я понимаю, главной ошибкой Магнуса была непоколебимая вера в Императора, исходя из неё он по канону и действовал. Пусть не фанатично и прямо, а исходя из своих внутренних ощущений и размышлений. Людям вообще, а верящим во что-то особенно, сложно отказываться от внутренних императивов. А Магнусу ещё сложнее, поскольку отказ от внутренней установки сразу даст, что он такой весь Великий и Красивый всю жизнь занимался не пойми чем, а все собранные знания висят мёртвым грузом.

И в итоге получается, что он вроде и гений, и стратег, и вообще самый умный, но обманывает сам себя и не хочет видеть последствия своих действий, что и привело к тому, к чему привело. Не учёный он в классическом понимании этого слова, он просто копит знания, он ничего не исследует по-настоящее, вот и не хватает ему скептицизма.

А что такое сверхчеловеческой интеллект? Это то, что он может очень быстро книгу прочитать? Или помнит все досконально? Или то, что он может анализировать большой объем информации? Так это скорее всего вопрос опыта и привычки.
Я вот не понимаю по каким параметрам два интеллекта можно сравнить, они по определению совершенно разные.