Победив Властелина, Шепард пытается доказать причастность Жнецов к нападению гетов на Цитадель, но вместо этого получает славу преступницы, уничтожившей целую систему. Преданная Альянсом и Советом она скитается по свету, пока над человечеством не нависает очередная угроза – некто похищает колонии людей. Шепард идёт на сделку с террористами и соглашается на самоубийственную миссию, во время подготовки к которой ей приходится встретиться со старыми друзьями.