Литература - это совокупность письменных текстов, чёрт возьми. Не бывает "обычной литературы" как класса. Ориджинал не может от неё отличаться, поскольку он входит в это понятие. И в художественную литературу тоже входит, потому что это не публицистика, не научный текст, не официально-деловой, а текст, транслирующий мысли и чувства автора в художественной форме. И фанфикшн, с точки зрения чистой современной науки, относится туда же.

С точки зрения самих текстов - не отличается.
С точки зрения социо-психологической (зачем автор пишет, для кого пишет, как происходит его процесс общения с аудиторией, каковы мотивы и ценности пишущего, его цели, выбор тематики и литературных приемов, субъективное осознание успешности) - боллитра в одну сторону, фанфикшн с ориджами в другую, самиздат, принт-он-деманд и прочие фанзины пляшут где-то посрединке.

Ничем. Разве что каналами распространения и нулевой платой.