Малфой посещал школу святого Брутуса.

К сожалению, этих данных в каноне нет.

Можно вычислить методом от обратного.
Пять дополнительных предметов, нужно выбрать два. Первый известен - УЗМС, остаются четыре.
Это не Прорицания, туда ходил Гарри и про Малфоя ничего не упоминалось.
Вряд ли Драко, разделяющий идеи превосходства чистокровных магов, брал маггловедение.
Арифмантика - любимый предмет Грейнджер, можно предположить, что будь там Малфой, предмет бы нравился Гермионе гораздо меньше.
Следовательно остаются только Древние Руны, тем более, что:

"Перси сдавал СОВ по этому предмету (Древние Руны), так как ему хотелось получить должность Министра магии. Известно, что экзамен он сдал."

А так да, в каноне не упоминается.

а может быть Драко изучал магглов?

Samus2001
У Гермионы предметов по выбору было три, но, действительно, будь Малфой на арифмантике, Гермиона бы, наверное, хоть раз это упомянула