о_о
у меня в одном файле бывает или один большой фик (открываю в виде схемы документа, с кликабельным оглавлением слева), в котором отдельными главами лежат еще всякие дополнительные материалы, обсуждения с бета-ридерами, отвергнутые варианты -
или несколько маленьких фиков, как-то связанных между собой.
новый файл завожу только, когда прежний так разрастается, что у ворда начинают возникать проблемы. это примерно на подходе к тысяче страниц.

а зачем делать отдельные файлы под каждую главу?

Пробовал я всякие софтины, но мне не зашло.
Есть Сценарий, там скелет и всякие идеи. Есть Черновик, в нем все подряд. Сценки даже не для фика, возможные сцены и просто диалоги персонажей, которые могли бы быть. Чистовик с текстами. И уже главы для публикации из чистовика выдергиваю, когда понимаю что все - написал вроде. Но это еще не конец, пару дней всегда полежит, подумаю не накосячил ли, не перегнул, нравится ли, потом публикую. Персонажи все в голове, в файлике они не эволюционируют и я забываю половину.
Еще есть что-то вроде блок-схемы перемещения персов по карте, если нужно, просто чтоб не забывать кто где остался, не забыть кого-нибудь за кадром, а то мало ли)

Есть черновик с набросками, из которого периодически делается копипаст в файл с текущим фиклом. Пора бы уже сделать раздельными файлами, а то бесит прокручивать все по дцать раз, но лень (

Всё в одном. Когда допматериалы разрастаются, а файл приходится делить на части, то допматериалы переезжают в отдельный файл. Это случается редко.