У меня сложилось впечатление, что Снейп больше всего боялся показаться слабым или смешным. А вот чем или кем был его боггарт, не знаю. Какое-то время после урока Люпина это мог быть он сам в образе бабушки Невилла. Или другой вариант -- кто-то видит его мысли или патронус и узнает о его чувствах к Лили. И смеется. Или жалеет. Что для Снейпа ничем не лучше.