9 октября 2019 г. на основании Федерального закона «О некоммерческих организациях» Некоммерческая организация «Фонд борьбы с коррупцией» включена Минюстом России в реестр некоммерческих организаций, выполняющих функции иностранного агента.

Факт соответствия организации признакам некоммерческой организации, выполняющей функции иностранного агента, установлен в ходе проведенного Главным управлением Минюста России по Москве текущего контроля за ее деятельностью.