моя коленя болят.

Нaблюдатель
Не поняла. Где есть?
Множественное число образуется от единственного, а не наоборот. Почему в русском языке неодушевленные существительные вообще имеют род, а также по каким причинам тот или иной род за ними закрепляется (т. е. почему «колено» среднего рода, а не женского – «коленя») – это отдельный вопрос. Даже два вопроса.
В остальном уже ответили выше. Это остатки двойственного числа существительных среднего рода, где была другая парадигма спряжения: на –и, а не на –а. Потом их вытеснила форма множественного числа (у классиков пушкинской эпохи еще встречается форма мн. ч.: «накинуть на плечá», «упадать на колена»), но в случае с парными объектами в итоге возобладала тенденция к сохранению старой формы.
Поэтому «колесо – колёса, окно – окна» и т. д., но: «плечо – плечи, ухо – уши, колено – колени».
В именительном падеже форма двойственного числа сохранилась в словах «глаза, берега, рога» (в древнерусском тут было множественное число с окончанием на -и: «глази, берези, рози»).

кошка в сапожках
моя коленя болит
мои колени болят
По-моему, всё нормально?

Нaблюдатель
В целом логично, но вы сейчас пытаетесь построить форму единственного числа по нетипичной форме множественного

Ну вот!