Боюсьпанды
Понятия не имею, мангу не читал

А вы считаете, что на разведение птиц, например, назначают действующих шиноби?
Тогда мне вообще непонятной становится история Майто Дая. Давно бы перевели его в непыльное местечко соколиков разводить, так нет, гоняли до старости по низкоранговым миссиям

я бесполезен

Ну да, как мы видим, обычно на вспомогательных должностях в Наруто сидят шиноби, с протекторами, а не наёмные гражданские. Видимо, надо же куда-то устраиваться генинам, если они в течении долгого времени не растут в боевых навыках, зато у них могут быть какие-то другие востребованные таланты.

Что касается токубецу-джонинов тут по идее всё просто. Если чел выполняет миссии, то он должен чтобы стать чунином сдать экзамен, а потом может быть повышен до джонина. А если чел на "постоянной работе" так сказать, то он может повышать своё профессиональное мастерство и таким образом получить чунина без экзамена (при этом переход из одной категории в другую не возбраняется, достаточно собраться в команду из 3 любых генинов, позвать себе временным командиром любого чунина и совместно выполнить 7 миссий любого ранга, хоть Д, чтобы принять участие в экзамене). А затем может быть повышен до токубецу-джонина. Всякие там главы отделов шифрофания, отряда пыток и допросов, научных и т.д. При этом боевые навыки у него могут быть вообще любые, как на уровне джонина, так и генина. Другое дело, что автор с самого начала злоупотреблял этим рангом, давая его за неизвестно какие заслуги. Например, Цуме Инузука за что получила токубецу-джонина?

Боюсьпанды
А в аниме пару раз мелькал "совет джонинов", туда токубецу звали или нет?

я бесполезен

Звали судя по Анко, да и Генма вроде там замечен.

Боюсьпанды
Т.е. есть шиноби на постоянных должностях с окладами, а есть - по миссиям? Интересно, джонинам-наставникам выплачивают или нет за работу?

Совет джонинов каноничная организация, они в Конохе утверждают или не утверждают хокаге (а выбирает его даймё, или, видимо, предыдущий хокаге, уходя в отставку). Это совет кланов полностью фаноннейший фанон (ну или по некоторым оговоркам всё же существовал в прошлом, состоя из членов двух сами знаете каких кланов, да Хаширама его распустил, советом джонинов заменив).

я бесполезен
Да это было очевидно и из манги, но Укё Кодати (бывший автор Боруто) в своих статьях этот вопрос разбирал специально. По его словам члены например Команды научного оружия ниндзя (которую вышеупомянутый автор Боруто и придумал) получают зарплату больше, чем их коллеги, бегающие по миссиям.
Вот этого я не знаю, скорее всего да.

А цифра еесть, сколько всего в Конохе джонинов?

я бесполезен
Наверное много.