В любом первобытном обществе были шаманы/жрецы/колдуны. От них и взались маги. Как только до первых шаманов доперло, что способности могут передаваться по наследству, так сразу и маги появились. А случиться это должно было ещё в каменном веке. Ас маглорожденными: если их много, то скорее всего потомки магов, возможно очень дальнии. Если мало, то редкая мутация.

Гилвуд Фишер
Мне кажется магия - редкая мутация генов
Она может возникнуть спонтанно под действием естественных факторов, как некая редкая болезнь, и если она возникла, она передается дальше по типу мб цвета волос. У магглорожденных всех ген допустим Аа, А - магия, а - ее отсутствие, то есть мутация происходит от генов одного родителя, ибо оч редкая хуйня, маловероятно, что встретятся два маггла, которые как-то способны к развитию у плода мутации. У чистокровных почти всех мутация закреплённая, соответственно АА, то есть маг в первом поколении родится всегда, неважно брак с магом или магглом, что подтверждает канон, где полукровок дохуя, а про рождение сквибов от таких браков неизвестно. Но все полукровки от брака с магглом точно будут, как и магглорожденные Аа, а от брака чистокровного с магглорожденным равновероятно АА или Аа.
Соответственно при браке двух магглорожденных вероятность рождения сквиба уже довольно высокая. При браке магглорожденного с магглом уже только 50% вероятность, что ребенок будет магом

Схема упрощённая, я не генетик, но идея примерно понятна

Строго говоря, мы знаем не "Слизерин считал, что обучать нужно только чистокровных", а что нынешние волшебники уверены, что Слизерин был против обучения магглорожденных. Реально вполне может быть, что Слизерин был, например, за предварительную подготовку магглорожденных прежде, чем начинать собственно обучение магии. Или еще что-то, а со временем информация исказилась.