Ice Plane
Как было в фильмах показано, истинная Калипсо - сущность эфемерная, ей отдать материальный объект просто так не получится, нужен сосуд, где будет храниться душа (раньше верили, что именно в сердце находится душа человека). Ну как филактерии для души у нежити. Поэтому она и сделала сундук, чтобы там душа капитана и хранилась.
Сердце да, лежало в банке, в тряпке, но в конце всё равно отправлялось в сундук тем или иным способом. Такая вот магия Калипсо, что объект хранения, неважно каким способом, всё равно рано или поздно вернётся на своё место.
Ну а касаемо Джонса - позднее всё представили так, что сначала Дэйви вырезал сердце и стал капитаном корабля, и лишь ПОТОМ Калипсо нарушила своё слово и не пришла в назначенный срок.

Раздор
Вроде же он сердце вЫрезал не непосредственно во время становления капитаном? С другой стороны, если плясать от печки с надписью «все было не так», то действительно возможны варианты)

Ice Plane
Так в этом и был прЕкол от Калипсо. Хочешь стать капитаном Голландца? Изволь сердечко из груди вырезать и в сундук положить. А так как Дэйви ещё и по уши был влюблён в богиню (додумался же полюбить особу настолько ветреную, что даже сама Калипсо этого не отрицает), он не раздумывая это сделал и лишь потом понял, КАК он попал. В принципе, классическая ситуация, когда сначала делаешь, а потом думаешь, что же ты такое сделал и как с этим быть.