Ice Plane
Как было в фильмах показано, истинная Калипсо - сущность эфемерная, ей отдать материальный объект просто так не получится, нужен сосуд, где будет храниться душа (раньше верили, что именно в сердце находится душа человека). Ну как филактерии для души у нежити. Поэтому она и сделала сундук, чтобы там душа капитана и хранилась.
Сердце да, лежало в банке, в тряпке, но в конце всё равно отправлялось в сундук тем или иным способом. Такая вот магия Калипсо, что объект хранения, неважно каким способом, всё равно рано или поздно вернётся на своё место.
Ну а касаемо Джонса - позднее всё представили так, что сначала Дэйви вырезал сердце и стал капитаном корабля, и лишь ПОТОМ Калипсо нарушила своё слово и не пришла в назначенный срок.