Видел неоднократно в фанфиках процедуру дозакачки информации от текущей Рей в клоны Рей. Информация, полученная между синхронизациями терялась. Плюс, для новой Рей хоть и была память о взаимодействии, но это проживала не она, а другая Рей.
Впрочем, я канон не смотрел, и там может быть иначе.

оно иначе

Рей, которую мы встречаем в 1 серии не помнит, как ее душила "старая карга", рей после самопожертвования потеряла память об отношениях с окружающими, что острее всего видно на примере синдзи

хотя в случае с евой нельзя быть уверенным ни в чем

Душа одна и та же, но личность обнулялась до условных бэкапов