у меня чисто по пейрингам хранятся (я тоже сохраняю только самое-самое зацепившее, поэтому не сказать, чтобы там был информационный ад). Ну, и плюс отдельная папка "джен" (его уж вообще мало) и отдельная "ориджиналы".
апд. а, да: в единственной папке "драрри", где фикла действительно много, есть ещё подразделение на 2 папочки: "макси-миди" и "мини".