Изначально Пожиратели не были серьёзной угрозой - они играли роль пугала, внешнего врага, показывали обществу "как не нужно себя вести". Реально они никакого особенно сильного вреда не приносили, но под этим соусом в магбритании очень хорошо шли либеральные реформы, чему был весьма рады многие либеральные политики, включая Дамблдора.

И тут пришёл явный фашист Крауч и всё испортил - накрутил в обществе воинственных настроений, собрал себе сильную команду сторонников, провозгласил чёткий курс на ужесточение формы правления. Пожиратели в свою очередь тоже от такого давления резко радикализировались и из нелегальной оппозиции стали именно террористами.

Т.е. да Крауч на первых порах возможно сумел бы арестовать многих Пожирателей, но те кто остались бы на свободе - были бы настолько обозлены, что устроили бы в магбритании полноценную гражданскую войну с тысячами трупов.

Альбус увидел эту ужасную перспективу и решил что нужно давить оба источника эскалации.Убив Волдеморта он обезглавил Пожирателей и лишил их движущей силы. Уничтожив репутацию Крауча он умерил пыл министерства и дал пожирателям удобный способ по своей "сложить оружие".