Вообще-то, никакого противоречия нет. Фламель прожил 665 лет, Мерлину не потребовалось бы и пятиста, чтобы дожить до времён Основателей. И надо полагать, Хогвартс тогда был не совсем школой.

С самого начала было понятно, что Карлус и Дорея — не родители Джеймса, по датам не подходят.