Так я не поняла "чистые руки, блестящие глаза" - или "прыщи и бородавки"?
По сабжу: да, даже если человек полностью опрятен и формально симпатичен, к нему можно испытывать отвращение. В основном манера себя вести и держаться: например, зажатая, напуганно-высокомерная и неискренняя.