По-моему, так и было показано. Или мысль, что Джон – это Мориарти, или мысль, что Джон помогает Мориарти. Думаю, если бы сериал был не по мотивам произведений АКД, в фаноне до сих пор бы была такая версия, что Джон – пособник Мориарти или даже сам Мориарти.