Мария-Фиона
Орочимару, захватывающий тела, оставлял все абилки текущего тела, но при этом не терял предыдущее, нажитое непосильным трудом. Полагаю, что чакра не изменится.

Но вопрос не особо имеет смысла. Есть стихийная предрасположенность, но при этом любую из стихий шиноби может освоить путём тренировок. Джонины имеют как минимум две стихии. Так что попадуну на крайний случай будет легче осваивать ещё одну, а предыдущая никуда не денется.

Кстати, в Наруто неоднократно показано, что стихия зависит ТОЛЬКО от тела. Какузу, Хируко (дружбан Саннинов, а не кукла Канкуро), Фука, Сасори - у всех были дзюцу, позволяющие использовать чужие тела. И при этом они прекрасно использовали чужие стихии.