> я не смог понять, что Мотоко - главная героиня - когда-то была человеком
> ак мне кажется, историю из детства Мотоко необходимо было включить хотя бы флешбеком

Там одна из линий --- её сомнения, а была ли, и не являются ли детские воспоминания сконструированной виртуальной памятью. Собственно, вся сцена с аквалангом и вокруг. Отсутстве однозначных флэшбеков как раз даёт интригу.