Ситуация "корабль отняли одни, груз отняли другие" возможна только в случае, если груз лежит на складе.
Для промежуточной остановки это выглядит странно и нелогично.

Во-вторых, если конфискациями занимаются псевдо-государственные образования, деньгами на взятки не отделаешься.

Да и в третьих - если гопстопнули две разные фракции, то и деньги им (скорее всего) нужны разные.

В-четвертых, в таких раскладах не понятно, почему наш капитан гуляет на свободе.