Сейчас в широко используемом секвенировании на один рид максимально приходится несколько сотен нуклеотидов. (для не биологов: для прочтения длинная ДНК/РНК разбивается на куски поменьше, с которыми уже удобно работать. Один кусок - одно прочтение - один рид) Конечно, ридов на одном чипе - сотня-другая миллионов, но это всё куски (рандомные куски кода, которые не по порядку и к которым часто еще и хвосты пришиты), которые надо сшивать. То есть, никакого приличного кода в рид и не написать.
Сшивка проводится уже не на самом секвенаторе, а на подключенном компьютере с необходимым программным обеспечением (как насчет встраивания всё в один корпус, не знаю, но то, про что я читала - вроде как отдельно ставится комп для того, чтобы это сделать). И то, каким образом из полученных данных составляется генетический код, зависит от метода секвенирования, там разные есть фичи, которые учитывают способ.
Я честно признаюсь, что не знаю, как заставляют программу запуститься саму по себе, особенно когда она не файл с исполняемым кодом, а какой-то поток данных внутри какого-то приложения (и, кстати, какие там кодировки для различных символов, это ведь тоже проблема), но подозреваю, что ей будет сложно работать, когда часть, отвечающая за нелегальный запуск, уже собралась и начала выполняться, а часть, которая имеет все фаерволлы раком - еще нет.
Наверно, оно может потом попытаться опять запуститься из файла с готовым кодом, но снова вопрос про кодировки и то, как она избежит того, чтобы еще до этого не спалиться.
И, конечно, заражаться будет в первую очередь собирающий это всё дело компьютер, а не сам секвенатор.

Есть качественно новые методы нанопорового/одномолекулярного секвенирования, которые могут максимально пару десятков тысяч нуклеотидов на один рид (используемые реально значения, конечно, поменьше). Но их еще доводят до ума. Плюс, разбиение на риды всё еще не зависит от пишущего вирус.

И это всё не говоря о затратах на создание с нуля определенной длинной последовательности нуклеотидов, встраивании её в некоторый материал, который потом возьмут на анализ (а если это живой организм, надо, чтобы он сумел нормально вырасти с этим дополнением)...
Дешевле и быстрее нанять пару мужиков с ломиком, которые придут и сломают секвенатор.
А если у нас сеттинг, где сделать вышеописанный вирус недорого, то и сам секвенатор тоже пропорционально дешевле, только его саботировать смысла нет. Хакать имеет смысл подключенный компьютер, и через него идти в локалку/кластер всего заведения, например: там уже можно найти не bamы по десятки гигабайт, а выводы и результаты.

Про контекст вархаммера: а вот в вархаммере такие тзинчитские комбинации для того, чтобы саботировать сам секвенатор, имеют смысл, поскольку к сорокатысячнику про секвенирование знают и умеют очень немногие Механикусы (если не вообще единицы) в самых секретных недрах Империума/глубинах Ока Ужаса. (мой вывод из того, что чтение ДНК в сорокатысячнике вообще не упоминается и только по глубокому шаманству Коула с примарисами и других механикусов при всяких Темных Основаниях можно заключить, что где-то оно должно быть) Секвенаторов, как я понимаю, у них тоже осталось немного, а делать новые никто не умеет, так что потеря даже одного была бы ощутима.
Саботировать секвенатор подброшенным кодом вместо штурма Марса было бы очень круто... вот только в то, что выше, Механикусы тоже не могут, равно как и в сборку новых секвенаторов.