Когда Люпина взяли в школу, Мародеры тогда еще не были анимагами, да Дамблдор вроде вообще про анимагию не знал вплоть до 3 курса Гарри. Воющую хижину построили специально, чтобы изолировать Люпина на время, когда он опасен.
Но мне интересно другое - они ведь (Люпин и Мародеры) как-то из хижины выбирались и гуляли по деревне!
То есть, в принципе, выбраться оттуда было вполне можно - так что оптимальным вариантом было бы не только изолировать, но и чтобы во время полнолуния кто-то из взрослых за Люпином смотрел, во избежание ЧП. Однако этого сделано не было.