Между безобидностью и убийством есть некоторая разница, не так ли?
Когда речь идет об охране границ, т.е., фактически, о боевом столкновении, никто, и Гермиона в том числе, не стал бы воспринимать жертвы среди нападавших, как убийства. В данном же случае речь о захвате пленного. Одно дело - бой, другое - расправа. Первого от кентавров Гермиона вполне могла бы ожидать, т.к., пусть они и хорошие, но защищаться право имеют, второго от "хороших и правильных" жертв дискриминации она ожидать никак не могла.