По-моему, зависит от того, что хотел сказать автор.
"В синем-синем море их двое:
Одна живет в донном иле, вторая его избегает"
СОздается ощущение, что в пустынном море два предмета.

"В синем-синем море их две:
Одна живет в донном иле, вторая его избегает"
а здесь кажется, что в море среди разнообразных обитателей есть два внешне очень схожих обитателя.