Дамблдору мешало уничтожить крестражи нежелание совершения необратимых поступков с неизвестными последствиями.
Во-первых, пока жив Гарри, время уничтожения крестражей не принципиально, и так будет хотя бы один.
Во-вторых, пока Вольдеморт не сделает все шесть крестражей как запланировал (а то и после этого), лучше не демонстрировать свою осведомлённость о наличии крестражей и о их множественности. Причина очевидна.
В-третьих, у него характер такой. Он не стремится уничтожать препятствия, он пытается использовать их себе на пользу.