Я всё равно не поняла в чём проблема :)
Если пдф, конвертированный из текста, то перевести его в word/fb2 с помощью конвертора дело нескольких минут, в зависимости от размера файла.
В html особой необходимости сохранять не было, но насколько я знаю в Word такая функция есть.
Если пдф - это скан книги, то соответственно книга и не была предназначена для электронного чтения. И из всех форматов для сканирования пдф - самый адекватный.