Думаю, Снейп вполне мог _понимать_ чувства Лили, но, разумеется, это не мешало ему иметь иррациональные эмоции по поводу Гарри. Но, как по мне, он не мог простить ему того, что он - Поттер; всё время сравнивал с отцом и тд. В смерти Лили он винил себя, тк именно он рассказал о пророчестве. А просьба оставить в живых Эванс - это не "непонимание", а попытка исправить ситуацию.
Другое дело, что он налажал где только можно.

А что до инстинктов и прочего, их вполне можно _знать_; иметь в виду, так сказать. Испытывать их при этом совершенно необязательно.
Вот у меня нет детей, и навряд ли будут, но я могу понять, почему какая-нибудь женшина будет готова отдать жизнь за ребёнка - это ЕЁ человек, и этим всё сказано.
Могу понять, почему люди не хотят детей, сдают их в дома малютки или бабушкам - есть приоритеты важнее (но не факт, что правильнее).
Так с любой сферической ситуацией в вакууме.
Чтобы этого не понять, надо быть психопатом в той степени, когда твоего социального опыта не хватает даже на то, чтобы попытаться понять живое существо. И это даже не случай Лорда, он на чистом знании психологии организацию сколотил.