Киттикэт
https://github.com/Singh-Lab/nCOP
Пжлст, запускать на свой страх и риск.

Самое смешное, что при всем этом алгоритм у тула вполне себе хороший и результаты он тоже выдает осмысленные и хорошие.
(поэтому мне надо будет как-нибудь переписать его с руби на питон и заоптимизировать)