> Первое, с чего бы я начил рефакторинг этой партянки, это разбил исходник на части. Просто, чтобы осмыслить то, что там написано. Впрочем, предположу что знания биологии сильно облегчают процесс осмысления данного кода.

эм, а с чего бы это портянка? глянул на гитхабе - всего тысяча строк.

Алсо, если чо, вывод в строках с 623

puts "Writing output to: #{$OUT_DIR}#{$cancer}_results.txt"
genes = sort_hash($selected_genes)
fo = File.open("#{$OUT_DIR}#{$cancer}_results.txt", 'w')
genes.each { |e| fo.puts "#{e.ljust(10)} #{($selected_genes[e].to_f*100/$NUM_AVG_ITER). round(1)}%" }

Я раби не знаю нихуя, но воткнуть Dir.mkdir("#{$OUT_DIR}") перед fo - .. должно помочь от несоздавания папки, а заменить "#{e.ljust(10)} на просто "#{e}\\t - от говноедства с выравниванием