Спасибо за подетальный и крайне интересный разбор.

>И кроме того, мы достаточно быстро придем к тому ужасному моменту, когда изменения в одном и том же секторе есть и в оригинале, и в копии, и надо решить, какую версию предпочесть.

Минутку. Но ведь именно во избежание этого оригинал-то и погружается в сон! Именно ради ненакопления противоречивого опыта нельзя жить одновременно биологической и машинной жизнью, нельзя одновременно загружаться в десяток боевых машин. А не ради синхронизации "внутренних часов", которых, как вы правильно отметили, у человека нет. Но есть порядок накопления опыта, где одни поступки и решения являются следствиями других, более ранних.
А если это всё же произойдёт (например, сон оригинала был недостаточно глубоким и просочилось хоть одно сновидение) - сработает тревога и копия с оригиналом будут автоматически объявлены разными личностями, с отдельными правами, и сливать их уже нельзя, это будет убийством.

>В начале она будет неплохо моделировать поведение оригинала, но по мере накопления в последнем возмущений от неучтенных элементов, отклонения будут увеличиваться и увеличиваться.

Вот для этого погружение в машину и делается не более чем на сутки у любителей и не более чем на неделю у профи. Иначе трудно будет возвращаться обратно в биотело.

>Самая трудоемкая часть в создании копии - как раз будет сканирование, потому что надо просмотреть все связи между нейронами на заданных участках, всякие щелевые контакты тоже, учесть все ослабления, все типы медиаторов, все изменения в межклеточном матриксе…

Это не последовательное сканирование, нейрон за нейроном. Скорее нечто вроде трёхмерного снимка, снятия голограммы - слепок снимается целиком, и накладывается на искусственный носитель тоже целиком, оператор не может выбирать "вот эту часть я хочу, а эту нафиг". Он (оператор), собственно, даже не знает, какая часть там за что отвечает, поскольку в процессе трансляции кодировка ему непонятна. Ну например, вы когда выбираете копировать файл на другой диск, вы же не выбираете "вот эти три мегабайта полезны, а эти шесть нафиг, только место захламляют". Если у вас есть редактор под этот тип файлов, вы можете открыть его ПОСЛЕ копирования и что-то там подправить, но сам процесс переноса такого не предусматривает.
А тут ситуация, когда и редактора нет. Можно только сделать, чтобы некоторые подпрограммы на новом харде не выполнялись (команда "открыть CD" не сработает, если у вас нет CD), но в коде она всё равно останется и скопируется.
И да, перенос производится не в компьютер, а в определённый квазибиологический субстрат, специально предназначенный для эмулирования работы нейросетей. Так что это не оцифровка даже, правильнее сказать "обаналогивание". Как вжать печатку в глину.