Синифаз Аграфский, канцлер - верховный главнокомандующий. Джедаи - средний и высший комсостав. тот же Скайуокер имел генеральское звание, например. Поэтому клоны ему подчинялись. А приказ 66 - это объявление всех джедаев предателями. Приказ приходит от высшего командования ВАР. Соответственно, клоны исполняют приказ.