Наверняка для гадания используются, потому что это их фольклорное использование. Но Гермиона на Руны точно не за этим ходила.
А так вроде алфавит как алфавит. Англосаксонскими рунами выбита, например, надпись по краю совершенно неволшебного надгробия Игнотуса Певерелла (по допам). И экземпляр Сказок барда Бидля, который принадлежал Дамблдору, тоже был написан рунами, но ничего волшебного в этой надписи вроде бы не было.