Это не нейтральная фраза, а именно шутка на тему, и зрители все поняли правильно.
Другой вопрос в том, что обижаться на такое - полный дебилизм. И было бы точно таким же дебилизмом, если бы все было наоборот и доктор слпроводил этой фразой регенерацию в мужчину после череды женских воплощений. (Только вот в этом случае говна на невинную шутку было бы в разы больше :D )
Алсо, в серии с Капальди, когда он вернулся на Галлифрей и застрелил генерала, тот регенерировал в женщину и произнес похожую фразу, из серии наконец-то я не мужик или что-то вроде того.
И тогда все посмеялись и никого не порвало. Удивительно, насколько ебанулся мир за какие-то несколько лет.