Ты случайно не знаешь, что можно сделать вот с такой хернёй? Вим всегда ставит конец файла на пустой строке. Т.е. последняя строка, перевод строки, окончание файла. И даже если открыт файл, где у последней строки нет перевода, а она заканчивается окончанием файла, после сохранения будет не «строка[eof]», а «строка\r\n[eof]».

set nofixendofline

set noeol