Я тоже постоянно путаю "у" и "ы", причём и когда руками пишу, и когда печатаю на клавиатуре, и когда свайпом печатаю на смартфоне. Моя научрук - психиатр с огромным стажем - говорила, что это довольно распространённая особенность. Вероятно, при обучении грамоте на русском языке эти буквы "записываются" в соседние ячейки памяти из-за схожести первого движения при их написании, а потом формируется немного дефектная нейронная связь, которая при необходимости возбудить одну ячейку памяти слегка возбуждает другую.