Налоги (и штрафы по их неуплате) с доходов платятся налоговыми агентами, коим ТС не является. В НК вполне однозначно прописано, что является зарплатой (налоговым агентом в случае которой является работодатель, её выплачивающий), а что – доходом от частной практики, где налоговый агент – сам работник. Описанный случай под последнее никак не подпадает банально потому, что деньги выплачивались организацией-нанимателем, а не клиентами, с которых, возможно, могла удерживаться комиссия посредником, как в случае частной практики. НДФЛ за себя как за работника физлицо уплатить при всём желании не может, налоговым агентом в данном случае является работодатель, именно он должен удержать НДФЛ с зарплаты работника и уплатить его в бюджет (а ещё из своего кармана заплатить обязательные взносы в фонды, что работник тоже сделать не может, как бы ему ни хотелось).

Ответственность сотрудников и юрлиц за совершение таких правонарушений совершенно несопоставима. Не берусь утверждать категорично, но лично в моей практике компетентные органы предпочитали во всяких спорных ситуациях проводить обвинения в адрес юрлиц – штрафы там жирнее без малого на два порядка, да и отчёты по раскрываемости экономических преступлений, полагаю, им тоже важны. Описанная же ситуация вовсе не кажется мне спорной.

По делам о нарушениях и НК, и ТК сразу, как правило, обвинителем выступает прокуратура, т.к. пострадавшей стороной является не только (и, прямо скажем, не столько, с точки зрения госорганов) работник, но и государство. Именно прокуратура, если усмотрит в происходящем правонарушение, будет приводить доказательства и вести обвинительную часть судебного процесса. Это, разумеется, не снимает ответственности с истца, и для него, как я и предупреждал, дело это муторное и нервное.