FocusWriter
Есть статистика (не только счетчики слов, прогресс и тд) и возможность делить на сцены, всякие режимы концентрации (которыми не пользуюсь), и самое приятное, возможность сваять свою тему.
А, еще, возможность открывать много вкладок (как в редакторе кода). Есть под линукс и под 64 винду.

Так что делается папочка для работы, каждая глава - файл в формате md. Все синхронизируется через облако, так что можно пользоваться редакторами на телефоне-тапке. Удобно и не виснет, как гуглодоки, офисы и прочая.

А, еще есть блокнотик, где от руки рисую схемы, если припрет, но обычно не нужно.