1. "После окончания трансфигурации кровь единорога работала, как если бы он был ещё жив"
На момент трансфигурации Волдеморт был жив, Гарри ему только руки отрубил, а потом залечил рану, поэтому после трансфигурации он считается "живым" для крестражей.
2. Т.к. память у него стёрта, то по описанной в фике логике (а задним числом понимаем, что это было бы логичным и в каноне) даже если бы он умер при трансфигурации, то возродился бы он без памяти, поэтому угрозы от него гораздо меньше.
3. Трансфигурации временна, поэтому должна обеспечивать возврат объекта в точности каким он был до процесса (иначе нельзя было бы трансфигурации себя в объект, но такое было только в каноне). Тело Волдеморта умрёт только при разрушении камня или если к нему прикоснутся ФК, потому что он сделает трансфигурации постоянной, поэтому тело исчезнет в принципе и воскрешение триггернётся.