Мысли по возможным изменениям:
1) не давать свободное безлимитное удаление. Разрешить удалять один-три-пять-десять комментов в день/неделю/месяц. Можно даже привязать количество к рейтингу, должна же от него быть хоть какая-то польза, кроме надрачивания на циферку;
2) просто заносить количество удалённых автором комментов в его профиль. Или с влиянием на рейтинг, опять же: минус один балл за каждый удалённый комментарий, и удалять можно только при положительном значении;
3) скрывать комментарии только для удаляющего автора. И его душенька спокойна, и для читателей ничего не поменялось;
4) отображать количество удалённых автором комментариев рядом с общим числом комментариев. Опционально: разрешить удалять не более определённого процента от всех комментариев (комментарии автора не в счёт);
5) разрешить автору удалять чужие комментарии только в течение определённого срока после их публикации (день-два-неделя) / только если на них ещё не отвечали;
6) при публикации текста неизменяемая впоследствии опция "автор может удалять чужие комментарии — да/нет";
7) автор может либо удалять чужие комментарии, либо комментировать сам (что важнее: слушать дифирамбы или получать прямой фидбек).

Обсуждаем, швыряем тапки, формируем коллегиальное мнение.