Тут сложная и немного извращенная логика. На самом деле то, что Гарри видел Квиррела в "Дырявом котле" в день ограбления Гринготтса и не видел Снейпа, никак не говорит о том, что Снейп ни при чем, а Гринготтс пытался ограбить Квиррел.
Может, Снейп просто лучше маскировался.