Что не стыкуется? Начнем с начала. А именно - с момента, когда Магнус якобы узнает о предательстве Хоруса. Напомню - случается это на Никее, когда идет суд. Император присутствует лично. Что мешает примарху добиться аудиенции и изложить свои видения? Но он сваливает на Просперо и оттуда шарашит по Терре.
Второе. Магнус известен как провидец и второй по силе псайкер человечества. Его описывают как обладателя высочайшего, сверхчеловеческого интеллекта. И все это не помогло ему просчитать последствия своих поступков?
А если он действительно лоялен вплоть до уничтожения собственного легиона и самоубийства - что он делает в составе Адского флота, осаждающего Терру?
Опять-таки, Магнус известен высочайшим интеллектом. С учетом этого перечитайте "Лживые боги", диалог Магнуса с Хорусом. Он же прямо подталкивает Мастера войны, провоцирует его.
И диалог с Лоргаром в "Аврелиане". "Император собирался убить тебя, но ты не обращай внимания: не убил же?", "Отец рассказывал, что богов нет, но я точно знаю, что это не так. Однако тебе не следует искать их". Опять чистая провокация.
В целом и получается тупой гений, слепой провидец и предательский лоялист. А вот если принять, что Магнус играет против Императора с самого начала (и не факт, что сам Император этого не знает: в "Первом лорде Терры" прямо сказано, что Ересь была изначально запланирована Императором и Малкадором), то все складывается вполне логично.