Неа, так не бывает. Как только было создано ведомство, которое потом стало Росреестром, БТИ функцию регистрации прав на недвижимое имущество сразу утратило, в смысле, её передали от БТИ регистрационным палатам Минюста России. Возможно, в вашем регионе этот процесс функции затянулся, и в 1999-м сделки всё ещё осуществляло БТИ.

В любом случае, если комната существует в реальности, Росреестр должен выдавать её технические характеристики и указывать, что прав не зарегистрировано, а не что сведения отсутствуют, так как техническая инвентаризация недвижимости - это процесс отдельный от регистрации прав.

Отсюда вывод - вам нужно запросить архивную выписку о правах на всю квартиру. Называется "выписка о переходе прав". Вот здесь (и только здесь) её заказывают: https://rosreestr.gov.ru/wps/portal/p/cc_present/EGRN_4 В ней будут указаны все владельцы за всю историю существования регистрации недвижимости и основания перехода прав.

Если квартира фактически трёхкомнатная, Росреестр вам ответит о правах на первые две комнаты и выдаст ответ, что третья комната существует, но прав на неё ни у кого нет. В этой ситуации сегодняшний владелец идёт и регистрирует своё право собственности. Но возможны и другие ответы по типу того, что в квартире три комнаты, но только две из них выделены как отдельные объекты, а на оставшуюся площадь существует долевая собственность.